Lisbonne, le 18 mai 2022 – La lignée BA.5 de la variante Ómicron a montré une fréquence relative « nettement croissante », estimant qu’elle est déjà dominante au Portugal, selon les données publiées mardi par l’Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA).
« Après sa première détection au cours de la semaine 13 (du 28 mars au 3 avril), la lignée BA.5 a montré une fréquence relative en nette augmentation, et on estime qu’elle est déjà dominante au Portugal (fréquence relative estimée de 63,6 % au 15 de mai) », souligne le rapport sur la diversité génétique du coronavirus SARS-CoV-2 au Portugal.
Dans le dernier rapport de l’INSA, la tendance de croissance sur 15 jours de la lignée BA.5 au Portugal a été projetée, et les données obtenues depuis lors ont eu un large chevauchement avec la projection, confirmant que la lignée BA.5 peut atteindre une fréquence relative de 80 % le 22 mai.
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déjà admis que cette souche, qui possède plusieurs caractéristiques génétiques jugées intéressantes par les experts, en cas de mutations impactant l’entrée du coronavirus dans les cellules, pourrait être plus transmissible que BA.2, mais a noté qu’il n’y a toujours pas de données pour prouver qu’il provoque un covid-19 plus grave.
Selon l’INSA, la lignée BA.2 montre une tendance à la baisse de sa fréquence relative, estimant qu’elle représentait 36,4% des échantillons positifs au 15 mai.
« Récemment, une sous-lignée de BA.2 (BA.2.35) caractérisée par la mutation supplémentaire L452R dans la protéine Spike a été détectée et surveillée, qui, depuis sa détection le 1er mars, a globalement présenté une fréquence relative avec une tendance croissante, représentant 3,4 % des séquences analysées dans la semaine du 2 au 8 mai (données en cours) », a-t-il ajouté.
La sous-lignée BA.2.12.1 a été détectée consécutivement dans les deux derniers échantillonnages aléatoires par séquençage entre le 25 avril et le 8 mai, et dans trois des sept régions, suggérant une augmentation de sa circulation au Portugal.
« Cette souche a suscité un intérêt international car elle est caractérisée par la mutation supplémentaire L452Q dans la protéine Spike et a montré une augmentation considérable de sa circulation dans certains pays, notamment aux Etats-Unis d’Amérique », indique l’INSA.
Selon l’INSA, la fréquence relative de la lignée BA.1 a atteint un maximum dans la semaine du 10 au 16 janvier (95,6%), où elle a entamé une tendance à la baisse. On estime que sa circulation est actuellement résiduelle, avec une fréquence inférieure à 1% ayant été détectée de la semaine du 18 au 24 avril).
Concernant la lignée BA.3, aucun cas n’a été détecté au Portugal depuis le 20 mars, alors que la lignée BA.4 n’a pas été détectée dans le pays à ce jour.
Dans le cadre de la surveillance continue de la diversité génétique du SARS-CoV-2 que développe l’INSA, 523 séquences en moyenne sont analysées par semaine depuis début juin 2021, à partir d’échantillons prélevés aléatoirement dans des laboratoires répartis dans les 18 districts de Portugal continental et régions autonomes des Açores et de Madère, couvrant en moyenne 139 communes par semaine.
HN // JMC
