«À ce jour, deux cas de la variante associée à l’Afrique du Sud ont été détectés, et aucun cas de cette variante n’a été détecté dans l’échantillon national du 10 au 19 janvier, ce qui suggère que la circulation de cette variante est encore limitée au Portugal », indique le dernier rapport de situation sur la diversité génétique du SRAS-CoV-2 de l’INSA, publié aujourd’hui sur son site Internet.
Le premier cas identifié au Portugal de cette nouvelle variante a été détecté le 7 janvier. C’était un homme de 36 ans originaire d’Afrique du Sud, résidant à Lisbonne, qui a été récupéré depuis le 17.
Dans le cadre de l ‘«Etude de la diversité génétique du nouveau coronavirus SRAS-CoV-2 (covid-19) au Portugal», l’INSA a jusqu’à présent analysé 3261 séquences du génome du SRAS-CoV-2, obtenues à partir d’échantillons prélevés sur 71 laboratoires, hôpitaux et institutions du pays, représentant 235 comtés du pays.
Depuis le dernier rapport (12 janvier), 919 autres séquences ont été analysées, dont 532 séquences obtenues à partir d’échantillons prélevés entre le 10 et le 19 janvier de cette année par des laboratoires des régions de Madère et des Açores et dans tous les districts du Portugal continental (total de 138 communes), dans le cadre d’une surveillance mensuelle avec échantillonnage national que l’INSA coordonne.
Il a également analysé 199 séquences obtenues à partir d’échantillons suspectés de présence de variants associés au Royaume-Uni, à l’Afrique du Sud et au Brésil ou à partir d’autres études spécifiques.
« Parmi les nouvelles séquences analysées, le variant associé au Royaume-Uni a été détecté par séquençage à une fréquence de 16% dans l’échantillon national des 10 et 19 janvier », précise l’INSA dans un communiqué.
Selon les chercheurs, «cette fréquence relative est en ligne avec ce qui a été estimé à partir des données d’échec dans la détection du gène S par RT-PCR pour la même semaine, dans le cadre de l’étude de surveillance continue de cette variante en collaboration avec la direction générale de la santé et le laboratoire Unilabs ».
Selon les résultats obtenus par les deux stratégies de surveillance, «cette variante est largement dispersée sur tout le territoire national».
Le rapport de l’INSA souligne également qu ‘«aucun cas n’a été détecté associé à la variante 501Y.V3 (P.1), détectée pour la première fois au Brésil, en particulier dans la région de Manaus (Amazonie), mais que cinq cas de la variante P ont été détectés. 2, également détecté initialement au Brésil et associé à des cas de réinfection ».
Il met également en évidence l’émergence d’un variant avec une mutation d’intérêt dans la protéine Spike, ayant été détecté avec une fréquence relative de 6,8% dans l’échantillon national du 10 au 19 janvier.
« Cette variante a été associée à trois cas dans l’échantillonnage national en novembre, avec désormais un total de 57 séquences détectées dans 32 comtés, couvrant neuf districts du Portugal continental et de la région autonome des Açores, indiquant une certaine dispersion au niveau national », dit l’étude réalisée en collaboration avec l’Institut Gulbenkian des Sciences.
Covid-19 a déjà tué 14 354 personnes au Portugal sur 767 919 cas confirmés d’infection, selon le dernier bulletin de la direction générale de la santé.
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