Selon le dernier rapport de situation sur la diversité génétique du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 au Portugal, sur le total des séquences de variantes Delta analysées, 62 ont la mutation supplémentaire K417N dans la protéine Spike (dite Delta Plus), qui a maintenu une fréquence relative inférieure à 1% de la semaine du 14 au 20 juin.
Aucun cas n’a été détecté dans la semaine analysée entre le 26 juillet et le 1er août (semaine 30), rapporte l’Institut national de la santé du docteur Ricardo Jorge (INSA).
Le rapport de l’INSA indique qu’à ce jour, 13 807 séquences du génome du nouveau coronavirus, obtenues à partir d’échantillons collectés dans plus de 100 laboratoires, hôpitaux et institutions, représentant 298 communes du Portugal, ont été analysées.
L’institut précise également qu’une moyenne de 588 séquences par semaine ont été analysées depuis début juin et que cet échantillonnage a impliqué des laboratoires répartis dans les 18 districts du Portugal continental et des régions autonomes des Açores et de Madère, couvrant en moyenne 118 communes. par semaine.
Le noyau de bioinformatique du département des maladies infectieuses de l’Institut national de la santé Ricardo Jorge (INSA) a déjà analysé 13 807 séquences du génome du nouveau coronavirus, obtenues à partir d’échantillons collectés dans plus de 100 laboratoires, hôpitaux et institutions, représentant 298 communes en Le Portugal.
Le rapport sur la diversité génétique du SRAS-CoV-2 indique que la fréquence de la variante Delta atteint 100% dans les régions de Lisbonne et Vale do Tejo, Alentejo et Algarve et dans les régions autonomes des Açores et de Madère.
Il indique également que « la fréquence relative des variantes Beta (B.1.351) et Gamma (P.1), initialement associées à l’Afrique du Sud et au Brésil (Manaus), respectivement, reste faible et sans tendance croissante, mais pas aucun cas. de ces souches a été détectée à la semaine 30, selon les données recueillies à ce jour ».
L’INSA ajoute qu’aucun nouveau cas du variant Lambda (C.37) n’a été détecté, « qui a marqué la circulation dans les régions du Pérou et du Chili ».
Parmi les autres « variants d’intérêt » circulant au Portugal, l’INSA met en évidence les variants B.1.621 (détecté pour la première fois en Colombie) et Eta (B.1.525 – initialement détecté au Nigeria), qui présentent des mutations de la protéine Spike qui sont partagées avec certains des les « variantes préoccupantes ».
Cependant, souligne-t-il, ces variants ont une faible fréquence au Portugal, ayant été détectés en dessous de 0,8% (B.1.621) ou 0,3% (Eta B.1.525) depuis la semaine 25 (21 au 27 juin).
Depuis juin, l’Institut Ricardo Jorge a adopté une nouvelle stratégie de surveillance continue de la diversité génétique du nouveau coronavirus au Portugal, qui repose sur un échantillonnage hebdomadaire de portée nationale.
« Cette approche permettra une meilleure caractérisation génétique du SARS-CoV-2, puisque les données seront analysées en continu, et il n’y aura plus d’intervalles de temps entre les analyses », explique-t-il.
Depuis le début de la pandémie au Portugal, en mars 2020, 17 485 personnes sont décédées et 988 061 cas d’infection ont été enregistrés, selon la direction générale de la santé.
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