Le «Rapport de situation sur la diversité génétique du nouveau coronavirus SRAS-CoV-2 au Portugal», préparé par l’Institut national de la santé Dr Ricardo Jorge (INSA), souligne également «une augmentation considérable» de la variante liée à l’Afrique du Sud , bien que la diffusion soit encore «peu fréquente dans la communauté».
Concernant la variante initialement identifiée au Royaume-Uni, l’INSA précise qu’elle a été «détectée par séquençage à une fréquence relative de 82,9% dans l’échantillon national en mars, poursuivant sur une trajectoire de fréquence ascendante, étant la variante responsable de la grande majorité des cas. de covid-19 aujourd’hui ».
Le nouveau variant de coronavirus associé à l’Afrique du Sud a été détecté dans 49 cas de covid-19 à ce jour, dont 27 ont été détectés dans l’échantillon national en mars, «ce qui représente une fréquence relative de 2,5% et montre une augmentation considérable par rapport à l’échantillon de février (0,1%) ».
«L’analyse phylogéographique indique que cette variante a été introduite plusieurs fois de manière indépendante au Portugal. Néanmoins, parmi les 49 séquences, il existe des «clusters» bien définis (par exemple, des chaînes de transmission limitées aux ménages ou aux institutions), ce qui suggère que la circulation est encore peu fréquente dans la communauté », explique l’INSA.
Jusqu’à présent, 22 cas de variante P.1 (associés au Brésil, Manaus) ont également été observés, avec seulement quatre cas de cette variante détectés dans l’échantillon de mars, maintenant la même fréquence relative (0,4%) observée en février, ce qui suggère que la diffusion de cette variante «est très limitée au Portugal».
«La variante P.2, également détectée initialement au Brésil, a révélé une diminution de sa fréquence relative dans l’échantillon de mars, n’ayant détecté qu’un seul cas parmi les 1 094 séquences analysées», indique le rapport.
Selon l’INSA, «l’échantillonnage national de mars 2021 par séquençage couvrait 10,4% des échantillons positifs rapportés au cours de la période analysée au Portugal, les données présentées reflètent donc fortement le poids des variants en circulation dans le cours actuel de l’épidémie en le pays « .
L’INSA indique que dans cette dernière mise à jour du site, de nouvelles fonctionnalités ont été introduites, notamment un nouveau panneau interactif qui permet d’analyser l’évolution de la proportion des différentes variables (par exemple, clade, lignage, mutation, etc.) au fil du temps.
À ce jour, l’INSA, à travers le noyau de bioinformatique de son département des maladies infectieuses, a analysé 5 758 séquences du génome du nouveau coronavirus, obtenues à partir d’échantillons collectés dans 89 laboratoires, hôpitaux et institutions, représentant 252 communes du Portugal.
Depuis le rapport du 3 mars, plus de 1345 séquences ont été analysées, dont 1094 séquences obtenues dans le cadre de la surveillance mensuelle avec prélèvement national que l’INSA coordonne, provenant de laboratoires répartis dans tout le pays, couvrant un total de 166 communes, et 89 séquences obtenus à partir d’échantillons suspectés de la présence de variants associés à l’Afrique du Sud et au Brésil ou à partir d’autres études spécifiques.
La pandémie de covid-19 a causé au moins 2 853 908 décès dans le monde, résultant de plus de 131,2 millions de cas d’infection, selon un rapport de l’agence française AFP.
Au Portugal, 16 885 personnes sont décédées des suites de 823 494 cas confirmés d’infection, selon le dernier bulletin de la direction générale de la santé.
HN // JMR
Le Covid-19: variante britannique responsable de la «grande majorité» des cas au Portugal apparaît en premier à Visão.
