Selon le dernier rapport de situation sur la diversité génétique du SARS-CoV-2 au Portugal, par l’Institut national de la santé Docteur Ricardo Jorge (INSA), la variante Delta a une fréquence relative de 100% en semaine 34 (23 au 29 août ) dans toutes les régions, une situation vérifiée depuis la semaine 32 (9 au 15 août).
Sur le nombre total de séquences de variantes Delta analysées à ce jour, 66 ont la mutation supplémentaire K417N dans la protéine Spike (sous-lignée AY.1), selon le rapport publié sur le site de l’INSA, ajoutant que cette sous-lignée a maintenu une fréquence relative inférieure à 1 % de la semaine du 14 au 20 juin.
Selon les chercheurs de l’INSA, la fréquence relative des variantes Beta (B.1.351) et Gamma (P.1), initialement associées à l’Afrique du Sud et au Brésil (Manaus), reste faible et sans tendance à la hausse. des cas de ces deux variantes ont été détectés dans les prélèvements des semaines du 9 au 29 août.
Les chercheurs du noyau de bioinformatique du service des maladies infectieuses de l’INSA ont analysé, à ce jour, 15 814 séquences du génome du nouveau coronavirus, obtenues à partir d’échantillons collectés dans plus de 100 laboratoires, hôpitaux et institutions, représentant 303 communes du Portugal.
Dans le cadre du suivi continu de la diversité génétique du SARS-CoV-2, l’INSA a analysé en moyenne 554 séquences par semaine depuis début juin 2021, à partir d’échantillons prélevés au hasard dans des laboratoires répartis dans les 18 districts du Portugal continental. et par les régions autonomes des Açores et de Madère, couvrant en moyenne 124 communes par semaine.
Depuis juin, l’INSA a adopté une nouvelle stratégie de surveillance continue de la diversité génétique du nouveau coronavirus au Portugal, qui repose sur un échantillonnage hebdomadaire de portée nationale.
« Cette approche permettra une meilleure caractérisation génétique du SARS-CoV-2, puisque les données seront analysées en continu, et il n’y aura plus d’intervalles de temps entre les analyses », souligne l’INSA.
L’« Étude de la diversité génétique du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 (covid-19) au Portugal » est menée par l’INSA depuis avril 2020 avec « l’objectif principal de déterminer les profils mutationnels du SARS-CoV-2 pour l’identification et la surveillance des chaînes de transmission du nouveau coronavirus, ainsi que l’identification des nouvelles introductions de virus au Portugal ».
Le Covid-19 a fait au moins 4 574 225 décès dans le monde, sur plus de 221,13 millions d’infections par le nouveau coronavirus enregistrées depuis le début de la pandémie, selon le dernier bilan de l’Agence France-Presse.
Au Portugal, depuis mars 2020, 17 810 personnes sont décédées et 1 047 710 cas confirmés d’infection ont été enregistrés, selon les données de la Direction générale de la santé.
La maladie respiratoire est causée par le coronavirus SARS-CoV-2, détecté fin 2019 à Wuhan, une ville du centre de la Chine, et actuellement avec des variantes identifiées dans des pays comme le Royaume-Uni, l’Inde, l’Afrique du Sud, le Brésil ou le Pérou.
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